Cystatyna C (cystatyna 3, CST3) – białko z grupy cystatyn, jednołańcuchowy polipeptyd o 120 resztach aminokwasowych (13 359 Da), należący do inhibitorów proteinaz cysteinowych.
Ponieważ cystatyna C jest swobodnie filtrowana przez kłębuszki nerkowe, a następnie ulega reabsorpcji i całkowitemu rozkładowi, jej poziom we krwi koreluje ze wskaźnikiem filtracji kłębuszkowej. Dodatkowym atutem tego pomiaru jest to, że nie jest on zależny od płci, wagi, wzrostu, masy mięśniowej i wieku (powyżej 1. roku życia). Pomiar stężenia cystatyny C jest stosowany do oceny wskaźnika filtracji kłębuszkowej, przy użyciu odpowiednich wzorów. Metoda ta jest prostsza i dokładniejsza niż oznaczanie klirensu kreatyniny.
Stwierdzono również, że podwyższenie poziomu cystatyny C we krwi jest czynnikiem ryzyka wystąpienia incydentów sercowo-naczyniowych (także u pacjentów po przebytym zawale mięśnia sercowego).
Rzadka mutacja genu kodującego cystatynę C (L68Q) wywołuje jeden z typów angiopatii amyloidowej – HCCAA (z ang. hereditary cystatin C amyloid angiopathy) – która we wczesnym wieku prowadzi do licznych krwotoków mózgowych; dziedziczenie tej mutacji jest autosomalne dominujące.