Modelowanie molekularne
Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych.
Modelowanie molekularne nierozłącznie jest związane z komputerami, których moc obliczeniowa decyduje o dokładności wykonywanych symulacji rozmaitych zjawisk na poziomie pojedynczych cząsteczek. W układach o dużej złożoności stosuje się uproszczone założenia lub wychodzi się z pewnych założeń początkowych, wynikających z wcześniejszych danych eksperymentalnych. Ośrodki naukowe zaangażowane w modelowanie molekularne posiadają własne centra komputerowe lub korzystają z czasu, jaki jest im przydzielony na superkomputerach należących do innych.
Modelowanie molekularne znajduje m.in. zastosowanie w nanotechnologii, do projektowania leków, poznawania struktur biologicznych, których sekwencja jest znana a budowa i funkcja jeszcze nie, w badaniach materiałowych i w wielu innych miejscach.
Istnieją również projekty związane z modelowaniem molekularnym, które wykorzystują moce spontanicznie tworzonych przez wolontariuszy sieci obliczeń rozproszonych, np. projekt Rosetta@home, zajmujący się między innymi poszukiwaniem nowych leków przeciwnowotworowych czy Folding@home, w podobnych celach symulujący zwijanie białek.
Molekularne modelowanie jest rutynowo stosowane do poznawania struktury dynamiki i termodynamiki rozmaitych związków chemicznych. W biologii molekularnej przy użyciu modelowania molekularnego badano zwijanie białka, katalizę enzymów, stabilność białek, cząsteczkowe rozróżnianie powierzchni białek i DNA. Intensywnie rozwijane są kierunki poszukiwań metod i materiałów nanotechnologicznych.
Programy używane w MM
- GPL-podobne
- open source
- komercyjne
Zobacz też
Linki zewnętrzne
- Italian Web Portal About Molecular Modelling. molecularmodelling.it. [zarchiwizowane z tego adresu (2013-09-22)].
- Polskojęzyczny portal o modelowaniu molekularnym