Metabolom – zestaw wszystkich metabolitów obecnych w organizmie, tkance, komórce lub przedziale komórkowym (np. pochodne aminokwasów, lipidów, węglowodanów, nukleotydów, drobnocząsteczkowych hormonów takich jak np. tyroksyna, testosteron, estradiol, cykliczny AMP).
Badaniem metabolomu zajmuje się dziedzina nauki zwana metabolomiką, która obok genomiki, transkryptomiki i proteomiki znajduje zastosowanie np. w biologii systemów, będącej między innymi działem biologii medycznej. W 2007 r. po raz pierwszy przedstawiono zarys ludzkiego metabolomu i przez analogię do projektu poznania ludzkiego genomu nazwano Projektem Ludzkiego Metabolomu, gdzie skatalogowano i scharakteryzowano 2500 metabolitów, 1200 leków i 3500 składników pożywienia, które znaleziono w ludzkim ciele.
